1.中国科学院云南天文台
1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台台址）。抗战胜利后，中央研究院天文研究所迁回南京，在凤凰山留下一个工作站，该站隶属关系几经变更，1972年经国家计委批准，正式成立中国科学院云南天文台。2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台。云南天文台保留原级别，并具有法人资格。云南文台自1982年开始招收研究生，是天文学一级学科单位，设有天体物理、天体测量与天体力学、天文技术与方法3个专业的硕士点与博士点，1个天文学博士后流动站，1个院级重点实验室。截至2018年底，云南天文台共有在职职工305人。其中科技人员269人、科技支撑人员23人，包括院士1人、研究员和正高级工程师42人、副研究员和高级工程师79人。共有在学硕士研究生70人、在学博士研究生80人、在站博士后2人。2.中国科学院昆明动物研究所
中国科学院昆明动物研究所直属于中国科学院，是我国生物多样性演化、保护与可持续利用领域的综合性研究机构。昆明动物所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站，1963年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。昆明动物所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有动物学、神经生物学、遗传学、细胞生物学4个专业二级学科博士研究生培养点，动物学、神经生物学、遗传学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、生物工程6个专业二级学科硕士研究生培养点和基础医学专业一级学科硕士研究生培养点，并设有生物学专业一级学科博士后流动站，共有在学研究生425人（含留学生和联培研究生），其中博士生195人、硕士生230人、在站博士后21人。3.中国科学院昆明植物研究所
中国科学院昆明植物研究所是中国科学院直属科研机构，是我国植物学、植物化学领域重要的综合性研究机构。研究所以“原本山川 极命草木”为所训，旨在认识植物、利用植物、造福于民。 研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。研究所从1979年开始招收硕士研究生，1986年起开始招收博士研究生，现有植物学、药物化学两个学科的博士学位授予点，和植物学、微生物学、生物化学与分子生物学以及药物化学的硕士学位授予点。昆明植物所是“云南省植物学会”的挂靠单位，负责主办学术期刊《云南植物研究》。4.中科院西双版纳热带植物园
1970年7月经国务院批准更名为“云南省热带植物研究所”。1978年3月经国务院批准更名为“中国科学院云南热带植物研究所”。1987年1月“中国科学院云南热带植物研究所”的植物群落室与昆明分院生态室合并成立“中国科学院昆明生态研究所”，其余部分成为“中国科学院昆明植物研究所”所辖的西双版纳热带植物园。1996年9月经中编办批准，昆明植物研究所所辖的西双版纳热带植物园与昆明生态研究所合并为中国科学院的独立研究机构—中国科学院西双版纳热带植物园，沿用现名。截至2016年底，版纳植物园共有在职职工382人（含项目聘用人员35人）。其中专业技术人员309人，包括研究员及正高级工程技术人员38人、副研究员及高级工程技术人员68人、物种保存和科普教育人员86人。 版纳植物园现设有生态学专业一级学科博士、硕士研究生培养点，植物学专业二级学科博士、硕士研究生培养点，并设有生物学专业一级学科博士后流动站，共有在学研究生266人，其中博士生95人（含留学生12人）、硕士生171人（含留学生13人），在站博士后共计15人（含外籍9人），其中与工作站联合招收1人。5.昆明物理研究所(211所)
昆明物理研究所始建于1958年，是国内最早从事红外科学与技术研究的高新技术研究所之一，隶属于中国兵器工业集团有限公司。所区本部占地156亩，位于昆明市五华区，光电子产业基地占地250亩，位于昆明市经济技术开发区，两区建筑面积12万平方米，资产总额10亿余元。现有在职员工千余人，围绕红外热成像技术的发展，主要研究开发与生产领域包括红外探测器材料、红外探测器、杜瓦瓶、微型制冷、红外特种加工工艺、电子信号处理、光学系统、热成像系统以及相关的红外测试与检测技术。我所拥有光学工程硕士、博士一级学科学位授予权和博士后科研工作站。6.昆明贵金属研究所
昆明贵金属研究所（简称贵研所）的前身是“国立中央研究院工程研究所”，始建于1938年。1962年12月，经国务院批准更名为中国科学院昆明贵金属研究所。2000年9月，以贵研所为主体，组建贵研铂业股份有限公司。2003年5月，贵研铂业股份有限公司在上海证券交易所上市。2005年7月，贵研所和云锡集团强强联合，组建云南锡业集团（控股）有限责任公司（省属特大型重点国有企业）。2011年2月，贵研铂业“稀贵金属综合利用新技术国家重点实验室”获科技部批准，成为云南省首个国家重点实验室。贵研所是我国唯一从事贵金属综合性研究开发的科研院所，是世界三大知名贵金属研究所之一，是国内贵金属领域中知识创新、技术创新的主要力量，承担了领域内80%以上的国家重大科技攻关任务。多年来，为我国贵金属工业的建立与发展做出了重要贡献，被誉为“铂族摇篮”。我所2020年预计招收硕士研究生16人，全部为全日制学术型硕士研究生类型，招生专业4个，学术学位属国家教育部规定的学历学位教育。